Según el Chilam Balam de Chumayel, el territorio del actual Quintana Roo fue el primer asentamiento de los Itzáes que llegaron del sur y fundaron en el año 435 la población de Syancan Bakhalal. Las poblaciones mayas asentadas en el hoy estado de Quintana roo participaron en la Confederación de Mayapán; los principales cacicazgos en la Península de Yucatán fueron: Ekab, Chanac Ha, Tazes y Cupules en el norte y centro y Cochuah y Chetumal en el sur. Dos náufragos de expediciones españolas: Gonzalo Guerrero y Jerónimo de Aguilar fueron los primeros hispanos en hacer contacto con los indígenas de la región oriental de la península de Yucatán, ahí estuvieron al servicio del cacique maya de Chetumal, Nachancán, y realizaron el primer mestizaje hispano-mexicano. Varias expediciones españoles fracasaron en su intento de poblar la región maya del oriente. En 1527 Francisco de Montejo llegó a Cozumel y trató de fundar poblaciones, pero también tuvo que retirarse ante la hostilidad de los indígenas.

Más tarde, Alonso Dávila llegó a Tulum y a Bakhalal y fundó en Chetumal una población a la que llamó Villa Real, pero tuvo que abandonarla debido a los ataques sorpresivos de los mayas. Para 1545 los españoles lograron vencer el señorío de Bakhalal y fundaron ahí la Villa de Salamanca de Bacalar, pero hasta 1639 los mayas de Quintana Roo no habían sido conquistados, manteniéndose en constante rebelión, y replegándose hacia el interior de las selvas; en sus tierras fundaron la famosa Chan Santa Cruz, capital del pueblo maya en lucha, que nunca fue conquistada por los españoles.

Los gobiernos de Yucatán nunca lograron el completo control de los indígenas del oriente de la península, quienes luchaban por la restitución de sus tierras y por establecer su propio gobierno. El 30 de julio estalló en Tepich la rebelión de los mayas, llamada Guerra de Castas, que habría de durar más de 50 años, hasta 1901, y aunque controlada, los problemas de fondo que la originaron continuarían siendo motivo de inquietud hasta 1937. En 1848 los mayas arrasaron Bacalar. Venancio Pec, Jacinto Pat, Cecilio Chí, fueron algunos de los líderes indígenas. En 1901, el ejército federal logró ocupar Bacalar y Chan Santa Cruz, pero los indígenas se internaron en la selva. Othón P. Blanco fue quien, con una labor pacificadora, logró acercarse a los mayas y hacerles reconocer el gobierno de la República. Debido a la falta de control por parte del gobierno yucateco, la rebeldía de los mayas y la pérdida de parte del territorio mexicano ante Guatemala y Belice, surgió la necesidad de crear el Territorio Federal de Quintana roo, que segregado de Yucatán se creó por decreto del 16 de enero de 1902, con 50,843 kilómetros cuadrados de superficie en el oriente de la península de Yucatán.

Quintana Roo comprendió todo el territorio que había permanecido bajo control maya. En el Porfiriato estuvo en poder de varios latifundistas que tenían enormes extensiones de terreno. Al triunfo de Revolución, el presidente Madero, destituyó a las autoridades porfiristas en el territorio y fueron liberados los presos políticos que en él existían. En 1913 se decretó la anexión de Quintana Roo a Yucatán, lo que provocó que en 1915 se rebelara Abel Ortiz Argumedo, este hecho sumado a la oposición indígena, hicieron que en 1915 se restableciera el territorio de Quintana Roo. El general Salvador Alvarado, comandante militar de la península fue a Santa Cruz de Bravo, donde los indígenas seguían combatiendo a los soldados y exigían el retiro de tropas y la restitución de sus tierras. El General Alvarado les restituyó sus tierras pero los mayas desconfiados destruyeron las vías de comunicación con el resto de la península.